Quels types de microbes sont impliqués ?
Bactéries endogènes
- Ralstonia solanacearum colonise le xylème et bloque la circulation de l'eau
- Agrobacterium tumefaciens modifie l’ADN végétal, cause des tumeurs (galles)
- Clavibacter michiganensis attaque les vaisseaux, provoque des flétrissements
Champignons
- Verticillium spp. pénètre par les racines, provoque un flétrissement vasculaire
- Fusarium oxysporum pathogène vasculaire majeur, souvent hémibiotrophe
- Colletotrichum spp. certaines souches sont latentes, activées par le stress
Endophytes (bénéfiques ou neutres)
- Bacillus, Pseudomonas, Trichoderma peuvent vivre dans les tissus sans nuire
- Stimulent parfois la croissance, améliorent la résistance aux stress abiotiques
Comment ces microbes pénètrent-ils dans les plantes
Les voies principales de contamination endogène sont :
Les racines : point d’entrée le plus courant via les poils absorbants, microfissures ou zones blessées
Les stomates et lenticelles : micro-ouvertures naturelles, en particulier chez les jeunes tissus
Les graines : certains microbes sont transmis verticalement par les parents (ex. : Fusarium)
Les vecteurs biologiques:insectes piqueurs (pucerons, cicadelles) injectent des pathogènes directement dans le phloème
Réaction biologique de la plante face à l’infection Notre processus en quatre étapes faciles
1
Accumulation de lignine et de callose pour bloquer les conduits vasculaires
2
Production de métabolites secondaires toxiques (phytoalexines, alcaloïdes) .
3
Activation de l’immunité innée par reconnaissance de motifs microbiens (MAMPs)
4
Dans certains cas, déclenchement de mort cellulaire localisée (HR) pour isoler l’agent
Détection des contaminations endogènes
La détection de microbes internes est plus complexe que celle de surface :
- PCR et qPCR sur tissus internes après broyage et extraction
- Coloration des coupes histologiques pour visualiser les structures fongiques
- Séquençage métagénomique pour analyser la diversité microbienne d’un organe
- Culture sur milieux sélectifs à partir de fragments de tiges, feuilles ou racines
Stratégies d’atténuation
Prévention
Utilisation de semences certifiées sans pathogènes internes
Désinfection des substrats, outils, et eau d’irrigation
Rotation culturale avec des plantes non hôtes pour épuiser les populations microbiennes
Contrôle biologique
Introduction d’endophytes bénéfiques (ex. : Trichoderma, Bacillus) pour exclure les pathogènes par compétition
Usage de stimulateurs de défenses naturelles (SDN) pour renforcer la réponse immunitaire
Sélection variétale
Choix de plantes possédant des barrières anatomiques plus robustes ou une meilleure réponse immunitaire endogène