Le cadre opérationnel est composé par le Comité National de Pilotage (CNP) et l'Unité de Gestion du Programme (UGP). Au niveau national le CNP assure l'exécution du Programme, tandis que au niveau regional les UGP s'occupent de sa gestion.

Exécution du Programme

Le CNP assure les orientations politiques et stratégiques, l'approbation et suivi de la mise en œuvre du Programme. Il est composé par les représentants du MAER, du Ministère de l'Economie et des Finances du Sénégal, des représentants de MAE/DGCS et de MASHAV.

 Le CNP est chargée de:

• examiner et approuver le Manuel des Procédures sur le démarrage des activités ;
• examiner et approuver les Plans Opérationnels Techniques et Financiers et les rapports d'activité ;
• examiner et approuver le plan de Passation des Marchés et de vérifier son exécution ;
• evaluer et autoriser les propositions des changements et extensions du Programme.

Gestion du Programme

Les UGP s'occupent de la gestion du Programme et est gérée par CNP.

L'UGP coordonnera deux Unités de Gestion: à Bambey pour les régiones TDF et à Sédhiou pour la région Casamance. Ces unités sont chargés de la mise en œuvre du Plan Annuel d'Activités.

Les UGP sont chargées de:

• préparer le Manuel des Procédures ;
• formuler les Plans Opérationnels et Financiers ;
• assurer les services de secrétariat technique du CNP ;
• gérer l'exécution des activités pour le compte du MAER soit directement soit à travers d'autres agences du MAER et assurant la supervision des activités ;
• accompagner les promoteurs et faire le suivi des activités du Programme ;
• faciliter la collaboration entre les différents niveaux du Programme, les collectivités locales et les services techniques déconcentrés ainsi que les autres Ministères.